Ett antal bilar förstördes, fönsterrutor krossades och polis tvingades skydda kanalens personal från demonstranterna. Ingen person ska ha skadats.
Tidigare under söndagen hade runt 5 000 personer demonstrerat mot regeringens beslut förra veckan att det ska krävas vaccinintyg för att bland annat komma in i livsmedelsbutiker och besöka barer och restauranger.
President Nicos Anastasiades säger att protesterna är ett slag mot demokratin, men att regeringen inte kommer att ge efter för utpressning.
Cypern har rapporterat 384 coviddödsfall och över 90 000 smittade.