Det innebär att man kommer att göra slumpmässiga kontroller av resenärer från Sverige, skriver departementet i ett pressmeddelande.
"Utifrån den pågående utvecklingen av hotbilden har myndigheterna i dag bedömt att det just nu är nödvändigt att fokusera på vilka som reser in i Danmark för att motverka de konkreta och aktuella hot som Danmark står inför", skriver justitiedepartementet.
Den senaste tiden har flera koranbränningar, liksom i Sverige, genomförts i Köpenhamn. Polisens underrättelsetjänst säger till nyhetsbyrån Ritzau att koranbränningarna har resulterat i ett ökat terrorhot mot Danmark.
Den ökade gränskontrollen kommer inledningsvis att gälla till och med den 10 augusti.