De misstänkts för att ha planerat ett terrordåd på okänd plats i Danmark eller utomlands.
Enligt åtalet ska de misstänkta ha förberett ett attentat där bomber och olika vapen skulle användas.
"De tre personerna hade skaffat flera funktionella vapen med tillhörande ammunition. Dessutom skaffade de kemikalier och material som gjorde att de kunde tillverka sprängämnen", säger riksåklagare Lise-Lotte Nilas, enligt ett pressmeddelande.
De tre personerna är i 30-årsåldern och kopplas till terrororganisationen IS. De nekar till anklagelserna, och greps i samband med ett polistillslag i staden Holbæk förra året.
I samband med flera polistillslag på Själland i Danmark i februari i fjol greps 13 personer som är släkt med varandra, varav tio av dem har frigivits. Utredningarna mot dessa personer har lagts ned.