Det kommer att ske i samband med att Frederiksen besöker Grönland den 14–17 mars, meddelar regeringskansliet.
Det var i december 2020 som en historisk utredning avslöjade hur barnen skildes från sina föräldrar för att delta i ett socialt experiment i Danmark. Målet var att skilja dem från sin kultur för att skapa en "elit". Många av dem har lidit av psykiska problem senare i livet.
De sex som fortfarande lever har krävt staten på 250 000 kronor var.
Frederiksen kom redan när utredningen presenterades med en offentlig ursäkt för den danska statens agerande. En ursäkt ska nu även framföras på grönländsk jord.
Förutom en ursäkt till barnen, står även säkerhetsfrågor och klimatpolitik på Frederiksens agenda under besöket.