Enligt polisen var mannen hotfull och beväpnad med en kniv.
Delar av torget har spärrats av och mannen har förts till sjukhus med ambulans, enligt nyhetsbyrån Ritzaus reporter på plats.
"Personen är skadad och får nu medicinsk behandling", skriver Köpenhamnspolisen på sociala medier.
Till DR säger polisen att situationen är under kontroll och att allt tyder på att det är en isolerad händelse.
Det finns i vid lunchtid inga ytterligare uppgifter om skadeläget på mannen.