När väskan röntgades på flygplatsen såg de anställda mystiska paket, och när de öppnade locket hittade de 185 små sköldpaddor packade i väskan som skulle flygas till fastlandet i Ecuador.
Landets miljöminister Marcelo Mata skriver på Twitter att smugglingsförsöket är ett "brott mot ecuadorianernas fauna och naturarv".
Flygplanet och dess passagerare hölls kvar på ögruppen men på söndagskvällen hade ingen gripits för smugglingsförsöket, enligt ecuadorianska tidningar.
Att föra med sig djur eller växter från Galápagosöarna kan ge upp till tre års fängelse.