Innan de påbörjade hemresan fick de en ranson bananer och gröna äpplen och testades för covid-19.
Ung Aing och Natalee, båda fyra år, upptäcktes vid gränsen mellan Thailand och Malaysia 2017. Efter att deras smugglare lagförts kom länderna överens om att skicka tillbaka primaterna.
Det är den femte repatrieringen av orangutanger tillbaka till Indonesien sedan 2006. Totalt har 71 orangutanger skickats hem från Thailand, dit de smugglats illegalt.
Primaterna kommer att genomgå rehabilitering innan de släpps ut i det vilda på hemön Sumatra igen. Enligt Världsnaturfonden WWF finns det bara runt 7 500 Sumatraorangutanger kvar i världen.