Fåglarna bar på fågelinfluensaviruset H5N1, meddelar miljödepartementet. Beskedet kommer dagen efter det att grannlandet Senegal konstaterat att 750 pelikaner som hittats döda i reservatet Djoudj burit på viruset.
Djoudj gränsar till parken i sydvästra Mauretanien.
Inga andra fågelarter tycks ha dött i de västafrikanska länderna.
Tidigare i januari inträffade ett fågelinfluensautbrott av typen H5N1 på en hönsfarm i regionen Thiès i västra Senegal. Omkring 100 000 djur slaktades då.
H5N1 kan sprida sig till människor, och sjukdomen kan vara dödlig.