De två anklagas för att ha injicerat människor med ett vaccin som tagits fram för coronasmitta hos hundar, vilket inte är samma virus som sars-cov-2, det vill säga det virus som orsakar covid-19.
Det hela uppdagades i september i fjol då utsända från landets hälsomyndigheter upptäckte att anställda vid en veterinärklinik i Calama i norra Chile arbetade utan munskydd. De anställda hävdade att de hade vaccinerats av en lokal veterinär.
Först i december anlände de första covid-19-vaccinen i landet.
Senare visade det sig att ytterligare en veterinär hade använt hundvaccinen på människor.
– Det här är mycket farligt, säger regionen Antofagastas hälsominister Rossana Diaz.
Chile har hittills gett minst en dos av godkänt covid-19-vaccin till cirka 7,7 miljoner människor, man har som mål att vaccinera 15,2 miljoner av de runt 19 miljoner invånarna.
Landet har registrerat 1,1 miljoner fall av covid-19 och mer än 25 000 relaterade dödsfall.