Enligt ursprungsfolkens organisation Conaie (Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador), som organiserar protesterna, har två demonstranter dödats.
Regeringen bekräftar ett av dödsfallen, i staden Puyo i Amazonas. Enligt en människorättsorganisation ska personen ha dött efter att ha blivit skjuten med en tårgaspatron rakt i ansiktet.
Polisen har använt tårgas för att skingra demonstranter i flera av landets städer.
Det är i Puyo som inrikesministern Patricio Carrillo hävdar att attacken skedde mot en polisstation. Sex poliser uppges ha "allvarliga skador".
Undantagstillstånd
För att sätta press på regeringen har demonstranterna sedan förra veckan bland annat blockerat vägar i hela landet.
Regeringen, som leds av president Guillermo Lasso, har svarat med att utlysa undantagstillstånd i sex av landets 24 provinser.
Lasso säger att han vill lösa situationen genom dialog med Conaie, men organisationens ledare Leonidas Iza kräver, bland annat, att presidenten drar tillbaka undantagstillståndet innan man sätter sig ned vid ett förhandlingsbordet – vilket Lasso vägrar att göra.
Stigande kostnader
Omkring 200 personer, bland dem båda civila och poliser, rapporteras ha skadats i protesterna, som beräknas kosta Ecuador motsvarande omkring 500 miljoner kronor per dag.
Enligt människorättsorganisationer ska ett stort antal människor ha gripits till följd av missnöjesyttringarna.
Missnöjet grundar sig i stigande levnadskostnader. Bland annat har, liksom i många andra länder, priserna på fossila bränslen gått upp kraftigt sedan 2020.
Utöver detta vill Conaie även se fler arbetstillfällen och prisregleringar på livsmedel.
Ursprungsbefolkningen utgör över en miljon av Ecuadors 17,7 miljoner invånare.