Zapata uppgav inledningsvis att gisslan hade tagits på ett fängelse i staden Cuenca, men Ecuadors fängelsemyndighet förtydligade senare att det rör sig om sex olika fängelser.
På torsdagen inträffade också flera explosioner till följd av bilbomber i Ecuadors huvudstad Quito.
Händelserna sker en dag efter att hundratals poliser och militärer genomfört en insats där man sökte efter vapen, ammunition och sprängämnen i ett av landets största fängelser i staden Latacunga.
Ecuadors fängelsemyndighet har uttryckt att gisslantagningen kan vara en hämnd för polisoperationen. Senare uppgav dock myndigheterna att det rör sig om en protest mot att fångar förflyttats till andra fängelser.
Kriminella grupper i Ecuador, med kopplingar till mexikanska och colombianska karteller, slåss om kontrollen över viktiga handelsvägar och områden, inklusive landets fängelser där minst 400 intagna har dött sedan 2021.
Gisslandramat sker också drygt tre veckor efter mordet på presidentkandidaten Fernando Villavicencio, som bedrev en kraftfull kampanj mot den organiserade brottsligheten.
Även i slutet av juli togs ett 50-tal fångvaktare som gisslan av fångar i Cuenca. Då utlystes också nationellt nödläge sedan oroligheter brutit ut i landets högsäkerhetsfängelse i Guayaquil, där över 30 fångar dödades.