Fångvaktarna och poliserna "frigavs och genomgår nu medicinska undersökningar för att kontrollera deras hälsotillstånd", uppger myndigheten Snai (Servicio Nacional de Atención Integral), och tillägger att samtliga verkar vara vid god hälsa.
Myndigheterna meddelade i torsdags lokal tid att de 50 vakterna och sju poliserna hade tagits som gisslan, men det är fortfarande oklart när de faktiskt tillfångatogs och i vilka fängelser det skedde.
I torsdags inträffade också flera explosioner till följd av bilbomber i Ecuadors huvudstad Quito.
Händelserna skedde kort efter det att hundratals poliser och militärer genomfört en insats där man sökte efter vapen, ammunition och sprängämnen i ett av landets största fängelser i staden Latacunga.
Fängelsemyndigheten uppgav under fredagen att gisslantagningen kan ha varit en hämnd för polisoperationen. Senare uppgav dock myndigheterna att det rör sig om en protest mot att fångar förflyttats till andra fängelser.
Kriminella grupper i Ecuador – med kopplingar till mexikanska och colombianska karteller – slåss om kontrollen över illegal handel, inklusive i landets fängelser där minst 400 intagna har dött sedan 2021.
Gisslandramat sker också drygt tre veckor efter mordet på presidentkandidaten Fernando Villavicencio, som bedrev en kraftfull kampanj mot den organiserade brottsligheten.
Även i slutet av juli togs ett 50-tal fångvaktare som gisslan av fångar i Cuenca. Då utlystes också nationellt nödläge sedan oroligheter brutit ut i högsäkerhetsfängelset i Guayaquil, där över 30 fångar dödades.