Förslaget fick bara 80 av kongressens 137 röster. För att inleda riksrättsprocess krävdes 92.
Omröstningen kom efter veckor med allt mer våldsamma protester mot höga levnadskostnader. Fem demonstranter har dödats och 150 personer har gripits, enligt observatörer.
Hundratals civila, samt personal ur säkerhetsstyrkorna som satts in mot protesterna, har skadats.
Under tisdagen dödades även en soldat i en attack mot en konvoj i landets östra delar. Regeringen avbröt därför förhandlingar som i två veckor pågått mellan den och ursprungsbefolkningens organisation Conaie, som anordnar demonstrationerna.