Bland de skadade finns flera poliser, enligt lokala myndigheter.
Sammandrabbningarna bröt ut vid ett fängelse i den sydvästra provinsen Guayas, där storstaden Guayaquil är belägen, på onsdagen. Parallellt utbröt tumult vid ett fängelse i den centrala andinska provinsen Cotopaxi.
Vid bägge fängelserna utbröt våldsamma upplopp även i februari, då totalt 79 fångar vid fyra olika fängelser i landet dog under en och samma dag. Kravallerna, där fångar bland annat halshöggs och brändes, ska ha utspelat sig mellan rivaliserande gäng som försökte ta makten över fängelserna.
Det sydamerikanska landets fängelser är kraftigt underbemannade och överbelastade. Runt 38 000 fångar är inhysta i anläggningar med kapacitet för 29 000 människor.