Drabbningarna skedde på en avdelning med 700 fångar i säkerhetsfängelset Litoral i kuststaden Guayaquil. Enligt polisen blossade konflikter upp mellan olika grupperingar till följd av att en person som haft en ledande roll därinne släppts fri.
Dödssiffran rapporterades först vara drygt 50 personer. Men efter några timmar hade den stigit till minst 68. Uppgiften kom från Ecuadors åklagarmyndighet, skriver AFP.
Pågick i timmar
Boende i närheten sade att skottsalvor och explosioner hördes från fängelset i timmar.
Enligt den ecuadorianska tidningen Expreso hittade poliser som ingrep bland annat ett gevär och dynamit på avdelningen. Tidningen rapporterade tidigt om det inträffade, då flera fångar hade direktsänt händelseförloppet i sociala medier.
I en liknande uppgörelse i fängelset dödades 118 personer. Sammandrabbningarna som blossade upp 28 september rörde konflikter mellan rivaliserande gäng som anses ha nära band med mexikanska knarkkarteller.
Överfyllda fängelser
Först när polis och militär sattes in, sammanlagt 900 man, kunde ordningen återställas. President Guillermo Lasso tvingades utlysa undantagstillstånd för återfå kontrollen i oktober.
Lasso skrev på sociala medier efter den senaste fängelsemassakern att "kontrollen måste återtas i fängelserna och kampen mot maffian – som tjänar på kaoset – måste intensifieras."
"Vi behöver verktyg i grundlagen för att försvara våra invånare", skrev presidenten.
Bara i år har närmare 300 människor dödats i fängelseupplopp i Ecuador. Omkring 40 000 fångar sitter i landets överfyllda fängelser. Bara i fängelsekomplexet i Litoral sitter 8 500 fångar.