Upploppet började med en gänguppgörelse mellan rivaliserande Los Lobos och R7 inne på anstalten Bellavista i Santo Domingo de los Colorados, omkring åtta mil från huvudstaden Quito.
"Just nu har 43 fångar dödats", skriver åklagarmyndigheten på Twitter och tillägger att situationen "utvecklas".
Över 100 intagna är samtidigt på rymmen, uppger polisen.
Dödliga upplopp och gängmassakrer är mycket vanliga på fängelser i Ecuador. I september i fjol dödades 118 intagna i ett upplopp i staden Guayaquil. Efter det har myndigheterna försökt lätta på trycket på fångvården genom att utfärda benådningar och kalla in polis och militär för att försöka hålla ordning.
Trots försöken att få bukt med problemen har upploppen fortsatt. Det överbelastade fängelsesystemet har kritiserats av flera människorättsorganisationer.