Drogerna var tänkta att levereras till Centralamerika, USA och Europa.
Sammanlagt genomfördes över 40 tillslag i åtta av landets 24 provinser. 28 människor greps, meddelar inrikesminister Juan Zapata på X, tidigare Twitter.
Sedan 2021 har myndigheterna i Ecuador beslagtagit över 500 ton droger. Mellan 2018 och 2022 fyrfaldigades antalet mord i landet, och nådde i fjol rekordsiffran 26 per 100 000 invånare.
Enligt expertbedömningar kan andelen våldsamma dödsfall i år bli betydligt högre.