President Guillermo Lasso kommer att sänka priserna på diesel och bensin med 10 cent, motsvarande runt en krona, per gallon (3,79 liter). Det är dock lägre än vad ursprungsbefolkningen krävt i en lista på tio åtgärdspunkter som lagts fram.
I ett tv-sänt tal till nationen säger presidenten att bränslepriset blivit "hörnstenen som upprätthåller konflikten".
Ursprungsbefolkningens organisation Conaie har ännu inte kommenterat beskedet.
Sedan protesterna, som anordnats av landets ursprungsfolk, började den 13 juni har delar av Ecuador lamslagits av vägblockader. Polisen har använt tårgas för att skingra demonstranter i flera städer. Enligt Conaie har två demonstranter dödats och ett hundratal skadats.
Sänkningen av bensinpriset kommer kort efter att presidenten i söndags lyfte det undantagstillstånd som infördes efter protesterna.