Genom att släppa ut myggor som inte kan befrukta honorna påverkas myggpopulationen så att den minskar och därmed också överföringen av sjukdomarna.
Det är första gången metoden testas på Galápagosöarna och den ansvariga myndigheten säger i ett uttalande att förhoppningen är att invånarna på öarna och de turister som kommer dit i mindre utsträckning ska smittas av sjukdomarna.
Förhoppningen är också att det i och med en minskad förekomst av de smittbärande myggorna ska gå att minska användandet av kemiska bekämpningsmedel för att hålla myggpopulationen i schack.
Forskare har arbetat med projektet i sex år vilket bland annat innefattat uppfödning av myggor i laboratoriemiljö och därefter sterilisering av myggorna genom strålning.
Galápagosöarna är på grund av sin unika flora och fauna ett Unesco-skyddat biosfärområde. Öarna, som först blev kända genom den brittiska geologen Charles Darwins observationer av evolutionen, ligger närmare 100 mil utanför Ecuadors fastland.