Ammer Abd al-Moneim, Hany Greisha och Essam Abdeen har suttit frihetsberövade i omkring 1,5 år. De anklagas för att ha använt sociala medier på ett otillåtet sätt och för att ha gått med i en terrorgrupp – vilket i det här fallet sannolikt syftar på det i Egypten förbjudna Muslimska brödraskapet.
Ingen av journalisterna har fått sitt fall prövat i rätten.
Nyheten om frisläppandet kommer bara dagar efter det att 41 personer– bland dem framstående författare och aktivister – släppts efter att ha suttit inlåsta i månader utan rättegång.
President al-Sisi har även återaktiverat sin benådningskommitté och tillsatt nya ledamöter. Kommittén, vars uppgift är att granska fall där människor har fängslats av politiska skäl, bildades 2016 men har de senaste åren varit mer eller mindre inaktiv.
Enligt bedömare handlar presidentens nya giv sannolikt om att blidka kritiker i ett Egypten där ekonomin genomgår en kris till följd av Rysslands krig i Ukraina.
Samtidigt sitter fortfarande ett stort antal personer i fängelse av politiska skäl.