Organisationerna hävdar att den omfattande användningen av tortyr är ett brott mot de mänskliga rättigheterna och uppmanar FN:s människorättsorgan OHCHR att undersöka Egypten.
Enligt Mohamed Lotfy, chef för Egyptiska kommissionen för rättigheter och frihet, har egyptiska myndigheter länge använts sig av tortyr "som ett verktyg för att tysta oliktänkande".
I rapporten skriver organisationerna att de egyptiska myndigheterna använder sig av flera olika tortyrmetoder såsom misshandel, elchocker, sexuellt våld och även att man nekar fångar tillgång till medicinsk vård.
Egyptens respekt för mänskliga rättigheter har ofta kritiserats under president Abdel Fattah al-Sisis tid vid makten. Människorättsorganisationer uppger att det finns omkring 60 000 politiska fångar i landet som utsätts för brutal behandling i överfulla fängelser.
Det egyptiska styret förnekar återkommande att fängslade personer utsätts för tortyr.