Enligt HRW, som intervjuat flyktingar och en lokal människorättsorganisation, skedde gripandena i Kairo i slutet av december och början av januari av civilklädda poliser.
Vissa ska ha hämtats i sina hem, andra på kaféer och i samlingslokaler. De gripna ska därefter ha förts till en fastighet där de tvingades lasta av lådor från lastbilar, samtidigt som de utsattes för rasistiska glåpord och misshandlades med batonger.
Dagen därpå släpptes de av i en motorvägskorsning.
Aktivister och människorättsgrupper riktar regelbundet kritik mot behandlingen av sudaneser i Egypten. Flera av de gripna var enligt HRW förra året med och mobiliserade protester mot trakasserier, rasism och kränkningar.
En företrädare för den New York-baserade människorättsorganisationen uppmanar nu egyptiska åklagare att "utreda och ställa de ansvariga för de godtyckliga gripandena till svars".
I januari fanns enligt UNHCR över 52 000 sudanesiska flyktingar och asylsökande i Egypten, men sammanlagt beräknas mellan två och fem miljoner ha flytt den konfliktdrabbade nationen för grannlandet.