Men enligt preliminära resultat klarar han inte att få en majoritet av rösterna utan måste möta sin rival, den förra premiärministern och EU-vännen Maia Sandu, i en andra valomgång.
När mer än 60 procent av rösterna räknats hade Dodon fått drygt 36 procent av väljarstödet medan Sandu låg på nästan 31 procent.
En andra valomgång hålls i så fall den 15 november.
Dodon kom till makten 2016 efter flera skandaler inom de västvänliga politiska lägren.
Huvudmotståndaren Sandu, som har en ekonomexamen från Harvard i USA i ryggen, är känd för sin kamp mot korruption. Hon ledde under en kort tid förra året en koalitionsregering som föll samman efter några månader.
Moldavien har 3,5 miljoner invånare och ligger mellan Rumänien och Ukraina. Valet har hållits i skuggan av coronapandemin som kastat ett av Europas fattigaste länder än djupare ned i en ekonomisk kris.