Ouattara har vunnit minst 90 procent av rösterna i 26 valdistrikt i landet, uppger valkommissionen.
Resultatet är inte oväntat då oppositionen uppmanat till bojkott av valet som de anser är ett olagligt försök av Ouattara att hålla sig kvar vid makten. Men presidenten hävdar att godkännandet av en ny grundlag 2016 gör det möjligt för honom att sitta en tredje mandatperiod.
Våldsamheter inför valet har krävt minst 30 dödsoffer. Efter att vallokalerna stängde på lördagen bröt sporadiska våldsamheter ut i olika delar av landet och minst fem personer dödades, enligt myndigheter i landet.
Regeringspartiet RHDP varnade på söndagen oppositionsledare för att försöka destabilisera landet.
Händelseutvecklingen ses som den största utmaningen hittills mot stabiliteten i landet efter det inbördeskrig som rasade i landet 2010–2011 och som krävde omkring 3 000 människors liv.