"Ned med militärens diktatur", skanderade demonstranter med röda flaggor, symbolfärgen för den störtade ledaren Aung San Suu Kyis parti NLD som vann parlamentsvalet i november. Militären har dock inte erkänt segern och hävdar valfusk.
I början av veckan grep militären flera civila ledare och satte dem i husarrest, bland dem Aung San Suu Kyi och president Win Myint.
Protesterna nära universitetet i Rangoon har växt sig allt större. Detta trots att internet stängts ned med syfte att bromsa kritiken mot militärens kupp.
Även i storstaden Mandalay bröt protester ut.
Åskådare gav mat och vatten till demonstrationsdeltagarna, och många höll upp tre fingrar i luften i en protestgest. Kravallpolis blockerade samtidigt vägar och placerade ut vattenkanoner.
Tusentals demonstranter marscherade till stadshuset i Rangoons centrala delar. De bar bilder på Aung San Suu Kyi och Win Myint, och framförde krav på att de ska släppas.
Slag mot kastruller
På många håll har det hörts ljud av slag mot krukor och kastruller, vilket traditionellt förknippas med att utrota ondska.
Demonstranter planerar nya manifestationer på söndagen.
Aung San Suu Kyi har inte synts till offentligt efter kuppen, men enligt en talesperson för hennes parti sitter hon i husarrest och mår under omständigheterna bra.
FN:s generalsekreterare António Guterres säger att organisationens särskilda sändebud till landet tagit en "första kontakt" med militären med en uppmaning att återföra makten till den civila regeringen.
Facebook, som är ett av landets mest använda kommunikationsnätverk, är nedstängt. Där har ett forum för civil olydnad växt fram på kort tid med uppmaningar till strejker.
På lördagen bekräftade Twitter att dess tjänst i likhet med flera andra sociala medier stängts ner.
Norska teleoperatören Telenor uppger att bolaget följt en order om att stänga ned hela landets mobildatanät.
"Vi har anställda på plats och vår högsta prioritet är att trygga deras säkerhet", skriver bolaget i ett uttalande.
"Inte fri"
En australisk ekonomisk rådgivare till Aung San Suu Kyi säger till BBC att han har frihetsberövats. Han är den förste utlänning som bekräftats frihetsberövad av militären efter kuppen.
Strax innan nästan alla kommunikationsvägar in och ut ur landet slocknade uppgav han att han hölls på sitt hotell. Det har senare inte gått att nå honom via telefon.
Militärkuppen i Myanmar har mötts med kraftiga fördömanden från stora delar av omvärlden, däribland USA, EU och FN.