Den sista officiella avrättningen verkställdes 2014, enligt Amnesty. FN och andra organisationer har vid upprepade tillfällen anklagat regimen för att ligga bakom ofrivilliga försvinnanden, godtyckliga frihetsberövanden och tortyr.
Dödsstraffet finns inskrivet i lagen i över 30 afrikanska länder, men bara omkring hälften av dem har låtit avrätta människor de senaste åren.
"Jag skriver detta i versaler för att försegla detta unika ögonblick: EKVATORIALGUINEA HAR AVSKAFFAT DÖDSSTRAFFET", twittrar vicepresident Teodoro Nguema Obiang Mangue, en av statsöverhuvudets söner och allmänt ansedd som hans troliga efterföljare.
Reformen träder i kraft tre månader efter det att den klubbats igenom i landets parlament, där endast en av församlingens 100 ledamöter, som alla företräder det styrande partiet, röstade emot.
80-årige president Obiang har suttit 43 år vid makten, vilket är världsrekord om man inte räknar in monarkier.
Ekvatorialguinea har betydande olje- och gasresurser, men den absoluta majoriteten av dess 1,3 miljoner invånare befinner sig under fattigdomsgränsen, enligt Världsbanken.