President Nayib Bukele säger att kokainet är värt närmare 104 miljoner dollar (941 miljoner kronor).
Sju personer frihetsberövades på båtarna, som var av en typ som är delvis nedsänkbara under vattnet för att försvåra upptäckt.
El Salvador beslagtar 4,1 ton kokain
El Salvadors flotta har beslagtagit två båtar med 4,1 ton kokain utanför landets Stillahavskust.
El Salvador har gjort ett stort narkotikatillslag. Bilden är från ett annat knarkfynd. Arkivbild.
Foto: U.S. Coast Guard/U.S Navy /AP/TT
Så jobbar vi med nyheter