Funes lever i exil i Nicaragua, och rättegången har hållits i hans frånvaro.
Åklagarna har bland annat anklagat Funes för olagligt samröre med kriminella under tiden han förhandlade fram ett fredsfördrag med ligorna 2012. Ligaledarna ska ha blivit belönade med privilegier i fängelset.
Funes, 64, själv har nekat till brott. Han har dessutom anklagats för flera andra brott i El Salvador, men har fått asyl och medborgarskap i Nicaragua.