Det är resultatet av en omröstning i parlamentet på tisdagen.
Förslaget lades fram av landets nya liberala koalitionsregering och röstades igenom med siffrorna 55 mot 34.
"Det här är ett beslut som inte fråntar någon något, utan snarare ger något betydelsefullt till många", sade den estländska premiärministern Kaja Kallas efter omröstningen.
Sedan 2014 är det tillåtet att ingå registrerat partnerskap i Estland. Lagen om samkönade äktenskap träder i kraft 2024.