Med mer än 90 procent av rösterna räknade får Kaja Kallas Reformpartiet stöd av var tredje väljare och hon ser som väntat ut att få sitta kvar som premiärminister.
Enligt prognoserna får partiet 38 mandat i parlamentet, en ökning med fyra platser och dubbelt så många mandat som näst största parti, Konservativa folkpartiet (17 mandat).
– Jag vill tacka alla väljare, tack för ert förtroende, tack för möjligheten att att ha fått leda regeringen och i synnerhet tack för era röster, säger Kallas i Tallinn enligt public service-bolaget ERR.
Om det stora stödet innebär att den koalition som styrt sedan i juni förblir intakt är ännu oklart. Valresultatet kan enligt bedömare innebära veckor av förhandlingar för att få till en regering.
Liberaler kommer in
Resultatet går i stort i linje med de stora opinionsundersökningar som har publicerats de senaste veckorna, och den stora skillnaden mot valet 2019 är att liberala Estland 200 tar sig in i riksdagen, riigikogu. De ser ut att få mellan 10 och 14 platser. Däremot ser De gröna (EER) inte ut att ta sig in i kammaren.
Estland 200:s intåg innebär enligt ERR att de är aktuella för en koalitionsregering. Men Kaja Kalla ville sent på söndagen inte säga till vem hon först ska vända sig till för regeringssamtal.
De förra stödpartierna Fäderneslandet (Isamaa) och Socialdemokraterna (SDE) backar båda jämfört med 2019. Tillsammans har de och Reformpartiet dock preliminärt fortsatt majoritet – 55 av de 101 platserna.
Långsam rösträkning
Räkningen har pågått under söndagskvällen och ett officiellt valresultat väntas först tidigt på måndagen enligt estniska medier.
Av de 900 000 röstberättigade hade nästan hälften förhandsröstat. Många föredrar att rösta elektroniskt och avlägga sin röst via datorn. Redan när vallokalerna stängde visade det sig att deltagandet var 63,7, det högsta hittills.
Men under valkvällen har kritik kommit för den långsamma räkningen, främst för att elektroniska förtidsröster inte räknats klart förrän efter klockan 22 på söndagskvällen.
Stort stöd till Ukraina
Mittenvänsterinriktade Centerpartiet – som traditionellt har varit populärt bland den rysktalande minoriteten – har stött regeringens linje i Ukrainafrågan, vilket gjort att man tappat väljare.
Oppositionella Konservativa folkpartiet har gett regeringen skulden för landets dåliga ekonomi och vill stoppa stödet till Ukraina.
Partiet bedöms ha begränsade chanser att ta sig in i regeringen, eftersom få partier väntas vilja samarbeta med det. De ser också ut att tappa från 19 till 17 platser. Partiledaren Martin Helme säger på söndagen att han inte litar på resultatet av de elektroniska rösterna och vill se en omräkning.