Kristna extremister uppges ligga bakom attacken som genomfördes på en gravplats i staden.
Gondars borgmästare Zewdu Malede säger till tv-bolaget EBC att attacken "genomfördes av ett fåtal extremistiska individer". Etiopiens regering lovar att attacken ska utredas och att de skyldiga ska ställas till svars.
Våldsamheterna inträffade efter sammandrabbningar på gravplatsen mellan muslimer och kristna efter bråk om varifrån stenar skulle hämtas till begravningar.
Gravplatsen huserar både en kyrka och en moské, och har varit föremål för en pågående dispyt mellan muslimer och ortodoxa kristna som utgör den dominerande religiösa gruppen i Etiopien.