Insatsen godkändes formellt på måndagen och ska pågå i minst två år. Bland annat ska en lokal snabbinsatsstyrka byggas upp, samtidigt som militären ska ges kunskaper i antiterrorbekämpning, men också hur civila ska skyddas i enlighet med internationell rätt.
Styrkan kommer att ledas av den portugisiske generalen Nuno Lemos Pires.
Cabo Delgado ligger i norra Moçambique och har huvudsakligen muslimsk befolkning. De senaste åren har oroligheterna i området tilltagit, sedan en jihadiströrelse med koppling till terrorrörelsen IS fått fäste i regionen. Mer än 700 000 invånare har tvingats på flykt.