Processen bygger på nya regler som EU-länderna enades om 2020 för att slå ner på "missbruk av EU-medel" och kan i slutändan leda till att utbetalandet av EU-pengar stoppas.
Första steget blir ett brev som budgetkommissionären Johannes Hahn har fått klartecken att skicka till regeringen i Budapest, meddelar kollegan Margaritis Schinas på en presskonferens efter onsdagens veckomöte i kommissionen.
Ordförande Ursula von der Leyen varslade redan i början av april om att processen nu ska dras igång.
– Det handlar om problem med korruption, sade von der Leyen i EU-parlamentet den 5 april.