Civil personal från EU skickas till gränsområdet nu i oktober, och ska kunna jobba med de båda länderna i två månader, enligt en överenskommelse mellan parterna.
Samtalen i Prag leddes av Armeniens premiärminister Nikol Pasjinjan, Azerbajdzjans president Ilham Aliyev, Frankrikes president Emmanuel Macron och EU:s rådsordförande Charles Michel. De rapporteras ha förhandlat i flera timmar sent på torsdagskvällen.
Ett avstämningsmöte ska hållas i Bryssel redan i slutet av oktober.
Armenien och Azerbajdzjan har i flera decennier bråkat om gränser, och i synnerhet området Nagorno-Karabach, som ligger i det muslimskt dominerade Azerbajdzjan men där många kristna armenier bor. I september krävde gränsstrider flera hundra dödsoffer.
Spänningarna tros ha kunnat blossa upp delvis på grund av att Ryssland, som annars brukar spela en tung roll i regionen, nu är upptaget med sitt invasionskrig i Ukraina.