Det rapporterar The Wall Street Journal.
Attacken inleddes på onsdagen, men Eurocontrol betonar att den inte påverkar flygsäkerheten.
– Attacken orsakar störningar på vår hemsida, säger en talesperson till WSJ.
Även de runt 2 000 anställdas möjlighet till kommunikation via mejl ska vara kraftigt påverkad.