Ytterligare tre personer ska ha skadats i branden, enligt brandkåren.
Branden slukade 80 hus i ett fattigt område och startade tidigt på måndagsmorgonen. Den började på andra våningen i ett hus som användes för bostäder inne på ett universitetsområde.
Branden spred sig snabbt och offren kunde inte ta sig från sina bostäder. Brandstationen ligger nära olycksplatsen, men enligt brandkåren fick man inte in larmet i tid.
Det tog nästan två timmar att få stopp på branden. Det är fortfarande okänt vad som orsakade den.
Över 13 miljoner människor bor i Manila. Det förekommer ofta bränder i de överfulla slumområdena där tiotusentals invånare bor.