Kustbevakningen skickades ut för att undsätta människor och försöka få branden under kontroll.
Senare under dagen meddelade kustbevakningen att alla 120 passagerare ombord har räddats.
"Alla som var ombord på färjan är i säkerhet", säger kustbevakningens talesperson Joy Gumatay i ett uttalande.
Frekventa oväder, bristande underhåll av fartyg eller överlastade farkoster gör att det inte är ovanligt med olyckor till havs i Filippinerna.