Över 100 människor har konstaterats omkomna , meddelar myndigheterna.
Nästan två miljoner människor i flera provinser har drabbats av översvämningarna.
Minst 53 av 105 av de som har konstaterats omkomna var från provinsen Maguindanao, där ön Mindanao i lördags drabbades av ovanligt omfattande regnoväder som utlösts av stormen Nalgae.
Stormen drog vidare ut över Sydkinesiska havet under söndagen.
Dödssiffran väntas stiga ytterligare. Tiotals människor saknas fortfarande och många är skadade.
"Vi har ställt om vår insats från sök och räddning till inhämtning eftersom chanserna att överleva efter två dagar är nästan noll, säger Naguib Sinarimbo vid räddningstjänsten i regionen Bangsamoro i Mindanao.
Forskare har länge varnat för att katastrofala oväder blir både vanligare och mer intensiva på grund av klimatförändringarna.