Hittills har 98 människor konstaterats döda, meddelar landets räddningsmyndighet.
Drygt hälften av dödsfallen kom från en rad översvämningar och skred som utlösts av stormen Nalgae som drabbade samhällen på ön Mindanao i fredags.
Dödssiffran väntas stiga ytterligare. 63 människor saknas fortfarande och många är skadade.
"Vi har ställt om vår insats från sök och räddning till inhämtning eftersom chanserna att överleva efter två dagar är nästan noll, säger Naguib Sinarimbo vid räddningstjänsten i regionen Bangsamoro iMindanao.
Forskare har länge varnat för att katastrofala oväder blir både vanligare och mer intensiva på grund av klimatförändringarna.