Med vindbyar på upp till 50 meter per sekund närmar sig tyfonen, som kallas Doksuri, en grupp av tre glest befolkade öar utanför den norra spetsen av huvudön Luzon, enligt landets vädermyndighet.
Stormen, som kallas Egay i Filippinerna, väntas dra in över eller passera mycket nära Babuyan-öarna eller Cagayan-provinsen på onsdagseftermiddagen, för att sedan fortsätta mot Taiwan och östra Kina. Över 200 millimeter regn väntas också falla i dessa områden.
Tre av de fem Babuyan-öarna är befolkade, med omkring 20 000 invånare. Människor som bor i kustsamhällen har beordrats att lämna sina hem och fiskare har uppmanats att dra upp sina båtar ur vattnet.
Vädermyndigheten varnar för att stormvågor på över tre meter kan drabba vissa låglänta områden, samt för jordskred i de bergiga norra provinserna till följd av det kraftiga regn som väntas de kommande dagarna.
Filippinerna drabbas årligen av i genomsnitt 20 kraftiga stormar som resulterar i hundratals dödsoffer.