Skyfallen har orsakat jordskred och översvämningar och lämnat människor strandsatta på tak, uppger landets katastrofmyndighet. Träd, stenar och lera har svept in med vattenmassorna och orsakat förödelse i framför allt lantliga samhällen i den sydliga provinsen Cotabato.
Flera av de döda ska ha överraskats när vattenmassorna strömmade in i bostadshus på morgontimmarna. Ytterligare flera saknas, enligt lokala myndigheter.
Skyfallen ska delvis ha orsakats av den tropiska stormen Nalgae, som just nu är på väg mot norra Filippinerna.
Landet drabbas årligen av runt 20 tyfoner och stormar.