En av gärningsmännen dog när Bunduquins son körde på dem med sin bil när de flydde från brottsplatsen.
Filippinerna är ett av de farligaste länderna på jorden för journalister. Många mördas och gärningsmännen kommer ofta undan.
Cresenciano Bunduquin hade ett program på en lokal radiostation och sände även på Facebook.
Chefen för radiostationen, Jester Joaquin, säger till AFP att Cresenciano Bunduquin granskade lokala frågor. På senare tid hade han kritiskt granskat bland annat ett oljeutsläpp, illegalt spel och politik.
– Han berättade för mig att han blivit hotad med gav mig inga detaljer, säger Joaquin.
Bunduquin är den tredje journalisten som dödats sedan president Ferdinand Marcos tog över makten för snart ett år sedan. Det filippinska journalistförbundets ordförande Jonathan de Santo säger i en kommentar att mordet på Cresenciano Bunduquin visar att landets journalister ofta arbetar under hot, trots att relationerna mellan medierna och makthavarna förbättrats något.
– När de som utför attacker mot medier inte ställs till svars och offren inte får rättvisa är det troligt med fler attacker i framtiden, säger Jonathan de Santo.