Anledningen är att anhöriga inte hämtat ut kropparna, enligt kriminalvårdens chef.
De allra flesta av fångarna uppges ha dött av naturliga orsaker.
I samband med en polisutredning hittades 176 kroppar på en begravningsbyrå i huvudstaden Manila. Kroppar började samlas på hög där i december i fjol. Normalt förvaras en kropp i tre månader på begravningsbyrån i väntan på att anhöriga ska hämta den.
Många av kropparna var i mycket dåligt skick.
Fredagens massbegravning var den största inom landets kriminalvård hittills. Skandalerna inom Filippinernas överbefolkade kriminalvård har duggat tätt på sistone. 29 000 fångar hålls på New Bilibid-fängelset som är byggt för drygt 6 000, och dödstalen bland fångarna är höga.