Militärövningen inleddes på tisdagen, direkt efter det att Kina avslutat en tre dagar lång militär drill vid Taiwan.
USA:s och Filippinernas militär övar tillsammans varje år, men årets exercis är den största på årtionden och innefattar fler än 17 600 soldater varav över 12 000 från USA.
Sydkinesiska havet har dessutom blivit en region märkt av kontroverser sedan Kina utökat sin närvaro vid den strategiska transportvägen. Flera länder angränsar till havet, däribland Vietnam, Indonesien och just Filippinerna.
– Relationen som vi har, och som vi bygger vidare på genom denna övning, gör att vi snabbt kan agera vid en konflikt, en kris eller om humanitärt stöd behövs vid en naturkatastrof, säger generalmajor Eric Austin till den amerikanska nyhetsbyrån AP.
Filippinerna och USA slöt en utökad militärpakt 2014.
Filippinernas president Ferdinand Marcos Jr vill markera landets militära styrka gentemot Peking. Presidenten kommer själv att närvara vid en del av övningen då ett stridsfartyg ska sänkas.
– Vi kommer att beskjuta mål som är närmare än de som vi vanligtvis möter vid ett hot, vilket är en fiendehandling som kommer från havet. Därmed visar vi att vi är stridsberedda, säger överste Michael Logico som är talesperson för den filippinska försvarsmakten.
Övningen, kallad balikatan (skuldra vid skuldra), pågår till den 28 april.