Många av de döda har placerats i gravar som staplats på varandra på de överfulla kyrkogårdarna i mångmiljonstaden Manila. Eftersom antidrog-insatsen främst riktat in sig på fattiga män är det vanligt att de anhöriga inte längre kan betala "gravhyran" på motsvarande cirka 900 kronor per femårsperiod.
En katolsk välgörenhetsorganisation hjälper nu de anhöriga att hämta kvarlevorna, så att de kan kremeras och få en permanent viloplats.
En av dem som får hjälp är 63-åriga Corazon Enriquez, vars 24-åriga son Rodzon sköts till döds.
– Jag vill inte att hans kvarlevor ska kastas bort, sa hon till nyhetsbyrån AFP medan hennes sons skelettdelar bars iväg på en bår av två män med masker, handskar och skyddsdräkter.
"Döda dem"
Sjubarnsmamman Enriquez var till en början positiv till president Dutertes löften om att få bort drogerna från landet.
"Om du känner några knarkare, döda dem, eftersom det blir för smärtsamt för deras föräldrar att göra det", sa Duterte strax efter att han tillträtt.
Men Enriquez trodde inte att hennes egen familj skulle bli en måltavla.
Hennes son Rodzon, en hamnarbetare som använde metamfetamin för att hålla sig vaken under långa nattpass, sköts till döds av polis i sin säng några veckor efter att Duterte blev president. Nu ska Corazon Enriquez förvara sonens aska hemma tills hon kan hitta en annan gravplats.
– Jag känner fortfarande smärtan. Jag hade velat byta plats med min son, säger hon.
Familjeförsörjare
Fader Flavie Villanueva, en frispråkig kritiker av presidenten, säger till AFP att tusentals kremeringar kommer att krävas de kommande åren, allteftersom gravhyrorna löper ut. - Det är redan tillräckligt illa att förlora en älskad anhörig. Ska de dessutom förlora deras kvarlevor?, säger prästen som samlar pengar för att bygga ett gravvalv för att ge offren en "värdig" sista viloplats. För många familjer är det redan för sent, då deras anhörigas kvarlevor redan kastats bort på grund av obetald gravhyra, enligt Villanueva.
– De är människor, de förtjänar bättre, säger han.
Många av dem som dödats var familjeförsörjare, enligt prästen. De efterlevande kämpar nu med att få ihop mat för dagen. Att dessutom betala gravhyra blir omöjligt.
Internationella brottsdomstolen ICC:s åklagare har begärt en fullständig utredning av knarkkriget. De vill undersöka anklagelser om att polisen utan laglig rätt har dödat tiotusentals civila under Dutertes tre första år vid makten, mellan 2016 och 2019. Rodrigo Duterte har kallat ICC "bullshit" och har lovat att inte samarbeta med domstolen.