Räddningstjänsten söker efter 24 personer som anmälts saknade, rapporterar myndigheten som samordnar insatserna.
Över 56 000 är fortfarande evakuerade till skyddsställen.
Det är östra, centrala och södra Filippinerna som drabbats av det svåra regnet, som väntas fortsätta under torsdagen. Värst drabbad är provinsen Misamis Occidental på ön Mindanao.
Ovädret har förstört över 5 000 hektar åkermark, där skörden nu är förlorad. Filippinerna räknas bland de områden på jorden som är mest utsatta för klimatändringar orsakade av uppvärmningen.