Beskedet kommer två dagar efter att den nyligen tillträdda presidenten träffade Kinas utrikesminister Wang Yi i huvudstaden Manilla.
Wang Yi är nu på Bali för G20-mötet men det har inte kommit några besked om hur han kommer att agera.
Det är oklart när presidenten testade positivt men på bilder publicerade på Facebook på torsdgaen syns han ha möten i presidentpalatset utan ansiktsmask.
Ferdinand Marcos Junior tillträdde som president den 30 juni. Det är andra gången han testar positivt för coronaviruset.