Samtidigt är en kraftig tyfon på väg mot landet och väntas nå provinsen Cagayan på fredag.
Runt 10 000 människor har tvingats lämna sina hem efter att stormen drog fram i provinsen Östra Samar i måndags. Den försvagades sedan över skärgården, enligt det nationella katastrofrådet NDRRMC.
Den omkomna drunknade på ön Marinduque. Ytterligare två personer har rapporterats omkomna i Masbateprovinsen, men de dödsfallen har inte bekräftats av myndigheterna.
De flesta av de 17 människor som saknas arbetar som fiskare.
I genomsnitt drabbas Filippinerna av 20 stormar och tyfoner varje år. Den dödligast kända ovädret kom 2013, och ledde till att fler än 7 300 människor omkom eller saknas.