Ovädret har orsakat skred i området runt den populära turistön Siargao under torsdagseftermiddagen, lokal tid.
Det har varnats för väldigt kraftiga vindar och skyfall som kan orsaka stora skador på omgivningen och leda till översvämningar och skred. Runt 10 000 byar ligger i området där tyfonen väntas dra fram.
Tyfonen Rai, eller Odette som också kallas, väntas bli den kraftigaste hittills i år. Hittills har det inte rapporterats om några dödsfall.
Varje år drabbas Filippinerna i genomsnitt av 20 farliga oväder.
En supertyfon motsvarar det som i Atlanten klassas som en orkan av kategori 5, den högsta klassen på skalan.