Övningen är den största på många år med syftet att stärka "förmågor och beredskap inför verkliga utmaningar", uppger ländernas försvarsmakter.
Kina anser att Taiwan utgör kinesiskt territorium. Men trots närheten till Taiwan riktar sig inte militärövningen mot något enskilt land, enligt arrangörerna.
Första gången den årliga övningen "Balikatan" hölls var 1991. Den bygger på ett samarbetsavtal mellan USA:s och Filippinernas militär från 1951.